«Сепахан» был основан в 1953 году и в течение 40 лет выступал в местных региональных лигах. Но в 1993 году произошло значимое событие в истории клуба: он был приобретен местным цементным заводом. Получив стабильное финансирование, «желтые» до 2000 года выступали в Лиге Азадеган - аналоге российской ФНЛ. Но затем клуб был перекуплен одной из крупнейших компаний страны - металлургическим гигантом «Мобаракех». Логично, что, когда клуб окончательно окреп и встал, наконец, на ноги, его дела пошли в гору. Вскоре была основана Иранская профессиональная лига, в которую вошел и «Сепахан». В сезоне-2002/2003 клуб впервые стал чемпионом Ирана, получив право выступать в Лиге Чемпионов. Впрочем, вряд ли дебют можно назвать успешным - «Сепахан» не вышел из группы. В 2004 году «Сепахан» выиграл Кубок Хазфи (аналог Кубка страны), но на континентальных турнирах вновь не снискал успеха. Ситуация изменилась в 2007 году, когда «желтые» вернулись в Лигу Чемпионов после очередной победы в Кубке. Заняв первое место в своей группе, «Сепахан» в четвертьфинале после двух нулевых ничьих в серии пенальти прошел японский «Кавасаки», а затем обыграл «Аль-Вахду» из ОАЭ - 3:1. В финале «Сепахан» встретился с еще одним японским коллективом - «Уравой Ред Даймондс». Дома иранцы сыграли вничью - 1:1, а в Японии ничего не смогли противопоставить соперникам - 0:2. Тем не менее, иранцы получили право сыграть на следующий год на клубном чемпионате мира. Начав с квалификации, «Сепахан» обыграл «Уэйтэкер Юнайтед» - 3:1, но в четвертьфинале уступил… «Ураве Ред Даймондс», обыгравшей иранцев второй раз за один месяц. Несмотря на тот факт, что на уровне континента «Сепахан» никак не может повторить свое лучшее достижение, в иранском чемпионате «желтые» доминируют в течение последних трех сезонов. С 2011 года команду возглавляет известный хорватский специалист Златко Кранчар.