У истоков создания футбольного клуба в Ла-Корунье стоял испанский студент Хосе Мария Абало, учившийся в Великобритании и увлекшийся популярной на Британских островах игрой. Клуб был основан в 1906 году в городской гимназии «Галера», а первые игры команда проводила на бывшем поле для корриды.
11 мая 1907 года губернатор города Луис Мойяно принял устав нового спортивного общества, а несколько лет спустя король Испании Альфонсо XIII присвоил клубу титул «королевского», что отразилось и на названии клуба (Real Club Deportivo La Coruna).
Домашней футбольной ареной ФК Депортиво является стадион Риасор, который построен в 1944 году. Сейчас этот стадион вмещает почти 35 тысяч зрителей. Во время домашних матчей на нем практически никогда нет свободных мест.
1930-50-е годы были временем относительной стабильности; команда стабильно выступала в классе сильнейших, не выигрывая, впрочем, каких-либо серьезных титулов. В 60-е годы началась так называемая «эпоха лифта»: команда несколько раз вылетала в сегунду и возвращалась обратно. Кризис команды усилился в 70-х годах, когда команда и вовсе опустилась в третий дивизион (сегунда Б). Помимо этого, команду преследовали и финансовые проблемы, из-за чего в клубе часто сменялись президенты и тренеры. Наибольшего пика кризис достиг в 80-е годы, когда клуб оказался под угрозой вылета даже из третьего дивизиона.
В начале 90-х годов начался подъем клуба. В сезоне 1990-1991 «Депор» после долгого отсутствия вернулся в примеру. Позже в команде появились такие звезды, как Бебето и Мауро Силва, а команда начала показывать интересный и привлекательный футбол, за что команду стали называть «СуперДепор». В сезоне 1993-1994 «сине-белые» дебютировали в Кубке УЕФА. Сумев пройти такие клубы, как «Ольборг» и «Астон Вилла», в третьем раунде клуб не устоял перед немецким «Айнтрахтом». В чемпионате клуб едва не стал чемпионом, лишь в последнем туре пропустив вперед «Барселону». В следующем сезоне клуб снова дошел до третьего раунда Кубка УЕФА, и снова на его пути встал немецкий клуб – на этот раз дортмундская «Боруссия». В том же сезоне клуб выиграл свои первые трофеи – Кубок Испании и Суперкубок.
На протяжении истории клуба Депортиво в нем играло большое количество классных игроков. Из испанцев стоит отметить таких футболистов, как Хоан Капдевила, Хуан Карлос Валерон, Альберт Луке, Диего Тристан, Педро Мунитис, а также Лионель Скалони. В составе команды играло также большое количество легионеров высочайшего класса. Особенно сильные игроки стали появляться в клубе во второй половине 90-х годов прошлого века. Они заложили основу для дальнейших успехов клуба как в Испании, так и на международной арене. Это бразильцы Роналдо, Ривалдо и Роберто Карлос. Кроме этих игроков в команде играли португальцы Педру Паулета и Жорже Андраде.
В сезоне 1998-1999 в команду пришел тренер Хавьер Ирурета, а также игроки Мануэль Пабло, Педру Паулета, Лионель Скалони и другие. Это означало наступление новой эпохи. В том сезоне команда едва не попала в Лигу чемпионов, заняв шестое место. Зато следующий сезон оказался успешным: команда впервые в своей истории стала чемпионом Испании. Таким образом, «Депортиво» стал девятым клубом Испании, когда-либо выигрывавшим чемпионский титул.
На протяжении следующих трех сезонов клуб стабильно финишировал в тройке призеров и регулярно участвовал в Лиге чемпионов, достигнув полуфинала в сезоне 2003-2004. Одной из самых запоминающихся двухматчевых дуэлей в еврокубках стала четвертьфинальная встреча того сезона – с «Миланом». Проиграв в Италии 1:4, клуб из Ла-Коруньи, казалось, потерял все шансы на проход в следующий раунд, однако в домашней встрече испанцы неожиданно победили со счетом 4:0.
В последние годы результаты команды стали более скромными. Связано это с уходом большинства лидеров команды и главного творца успеха Хавьера Ируреты. Тем не менее, «Депортиво» до сих пор является одним из сильных клубов Испании.
