«Блэкберн Роверс» был основан 5 ноября 1875 года группой выпускников школы Шрусбери, инициативу которых поддержала группа обеспеченных горожан на собрании в отеле «Легер». В том же году, 18 декабря, команда провела свой первый матч, который завершился ничьей со счетом 1:1.

В начале своей истории клуб не имел своего стадиона и существовал исключительно на деньги основателей. Команда сменила много полей, пока на конец не был построен «Ивуд Парк», на котором «Блэкберн» выступает и по сей день, а сам стадион является старейшей футбольной ареной в Англии. С 1878 года клуб выступал в первенстве Ланкашира, а уже на следующий сезон команда участвовала в розыгрыше Кубке Англии. В 1882 году «Блэкберн Роверс» дошли до финала этого турнира, но проиграли клубу «Олд Итонианз» (интересный факт, что на следующий год за них отомстил другой клуб из города Блэкберн, уже не существующий клуб «Блэкберн Олимпик»). Спустя два года, в 1884 году, «Блэкберн Роверс» всё таки завоевали этот трофей.

В 1888 году учреждалась английская футбольная лига и «Роверс» стали одним из клубов-основателей. В период с 1890-91 годы клуб дважды выигрывает Кубок Англии, но добиться солидного успеха в чемпионате клубу было не суждено до начала XX-го века.
В 1912 году «Блэкберн» впервые стал чемпионом Англии а уже через сезон, в 1914 году, клуб добивается своего второго золота. Главным тренером команды на тот момент являлся Роберт Миддлтон.

В 1928 году «Блэкберн Роверс» одержал блестящую победу в финале Кубка Англии над «Хаддерсфилд Таун». Вплоть до 1936 года, «Блэкберн» показывал великолепную игру, но затем началась «чёрная полоса» в истории клуба. Команда на долгие десятилетия покинул элиту английского футбола, по большей части обретаясь во втором и третьем дивизионах.
Спустя 25 лет, который клуб провёл вне высшей лиги, «Блэкберн Роверс» был приобретён местным стальным магнатом Джеком Уокером. Благодаря финансовой поддержке и блестящему руководству команде удалось расправить плечи и начать постепенный подъём из третьего дивизиона.

На пост главного тренера был приглашён шотландский специалист Кенни Далглиш, которому в 1991 году удалось вывести «Блэкберн Роверс» в в первый дивизион. В 1992 году «Роверс» стали одним из клубов-учредителей английской Премьер-лиги, при этом команда оказалась одной из трех (наряду с «Астон Виллой» и «Эвертоном»), которая участвовала при этом и в первом чемпионате страны. В период с 1992-94 годы обладая большими финансами клуб неоднократно бил трансферные рекорды в Англии, пригласив в команду таких высококлассных игроков, как Алан Ширер, Грэм Ле Со, Дэвид Бэтти, Крис Саттон и др.

Вложения и формирование крепкого состава в итоге принесли результат. В 1994 году «Блэкберн» завершил сезон на втором месте, уступив лишь «Манчестер Юнайтед», а в 1995 году «Блэкберн» стал чемпионом. Далглиш покинул свой пост, а развить его успех оказалось некому.

Провально выступив в Лиге Чемпионов (там же дважды проиграв московскому «Спартаку»), клуб так же оказался близок к вылету из английской Премьер-лиги. У команды начались тяжёлые времена и команду стали покидать её лидеры, включая Алана Ширера. В 1999 году клуб всё таки покинул элиту национального футбола и по итогам следующего сезона не мог претендовать на возвращение.
Начало XXI-го века было тяжёлым для клуба, в сезоне 2000-01-го годов скончался Джек Уокер, и клуб решил посвятить его памяти свою кампанию по возвращению в Премьер-лигу. Заняв второе место в первом дивизионе, клубу это всё-таки удалось.

В 2002 году, одержав победу над «Тоттенхэмом», «Блэкберн» впервые в своей истории завоевал Кубка Лиги, а в сезоне, под руководством Грэма Сунесса, команда заняла 10-е место. Это обеспечило клубу место в еврокубках. В последующих сезонах «Блэкберн Роверс» дважды добирался до шестого места в турнирной таблицы и трижды попадал в зону Кубка УЕФА. На посту главного тренера шотландца Грэма Сунесса сменил валлиец Марк Хьюз. Череда травм игроков не позволяла клубу показать хороший футбол, хотя в 2007 году «Блэкберн» довольно не плохо выглядел в Кубке Интертото.

Отработав четыре сезона Хьюз ушёл в «Манчестер Сити», а на его место пришёл Пол Инс, которому до этого удалось вывести клуб «Милтон Кейнс Донс» в третий дивизион (Coca-Cola League One). Однако новому специалисту не удалось добиться хорошего результата и после весьма неудачного старта сезона (клуб набрал лишь 13 очков в 17 матчах), Инс был отправлен в отставку. 17 декабря 2008 года на пост главного тренера пригласили Сэма Эллардайса, с которым был подписан контракт на три года.

В следующем сезоне «Блэкберн Роверс» занял 10-е место. 19 ноября 2010 года индийская компания Venky’s выкупила 99’9 % акций клуба и официально стала владельцем «Блэкберна». 13 декабря 2010 года Сэм Эллардайс был отправлен в отставку с поста главного тренера «Блэкберна».22 декабря 2010 года Стив Кин был утверждён в качестве главного тренера «Роверс» до конца текущего сезона.