Мини-футбольный клуб «Интеко» был создан в 1999 году. В сезоне 2001-2002 он получил право на участие в Высшей лиге, на тот момент являвшейся высшим дивизионом страны. В ходе того сезона клуб сменил название на «Динамо-23», а после его окончания был расформирован. Его преемником стал мини-футбольный клуб «Динамо».

 Уже в первом сезоне динамовцам удалось выйти в плей-офф, где одолев московскую «Дину» и екатеринбургский «ВИЗ-Синару», они вышли в финал. После победы «Динамо» в первом финальном матче и проигрыша во втором (5:3 и 5:6 соответственно), всё должен был решить матч в Норильске. В невероятном поединке москвичи вырвали победу (8:7) и завоевали для клуба первый чемпионский титул.

 Победа в Норильске положила начало чемпионской серии «Динамо», прерванной лишь в 2009 году «ВИЗ-Синарой», в результате которой клуб стал шестикратным чемпионом России. Также москвичи восемь раз выходили в финал кубка России и шесть раз одерживали в нём победу. 

В 2011 году после двух лет без чемпионств «Динамо» вновь выиграло титул. «Динамовцы» достигли этого успеха под руководством известного испанского тренера Тино Переса. Этот результат был повторён и сезоном позже.

 Став чемпионом России в 2003 году, «Динамо» получило право представлять Россию в Кубке УЕФА по мини-футболу 2003—2004. Несмотря на то, что матч против голландского клуба «Вест Старз» был окончен со счётом 11:2 в пользу москвичей, за использование игрока, не имевшего права выходить на площадку, им было засчитано техническое поражение, и в следующую стадию турнира прошли голландцы.

 В следующем розыгрыше «Динамо» удалось дойти до финала, где российский клуб был близок к победе, но после того как основного времени двух матчей не хватило, чтобы определить сильнейшего между ним и бельгийским «Аксьоном 21», в овертайме удача улыбнулась бельгийцам. Через год «Динамо» вновь доходит до финала и вновь уступает, на этот раз испанскому «Бумеранг Интервью». 

После двух неудач, в сезоне 2006—2007 «Динамо» наконец удалось стать первым российским обладателем Кубка УЕФА по мини-футболу: взяв реванш за прошлогодний проигрыш, москвичи обыграли «Бумеранг Интервью» со счётом 2:1.

 В двух следующих розыгрышах москвичи проигрывали в полуфинале: в сезоне 2007—2008 — испанскому Эль-Посо, а в сезоне 2008—2009 — своему главному сопернику на российской арене екатеринбургскому «ВИЗ-Синаре».