Мини-футбольный клуб «Сибиряк» был создан в 1988 году. Первое его достижение последовало уже в следующем году — победа во всесоюзном турнире на приз газеты «Комсомольская правда». В 1991 году команда приняла участие в единственном чемпионате СССР по мини-футболу и заняла 9-ое место. Следующие 7 сезонов новосибирцы провели в элите российского мини-футбола, по результатам сезона-1998 покинули её, но уже через год вернулись обратно. Ещё два сезона в Высшей Лиге (раньше такое название носила Суперлига) — и команда вновь понижается в классе, но на этот раз быстрого возвращения не получилось. Отыграв 5 сезонов во втором эшелоне российского мини-футбола, в 2006 году «Сибиряк» прекратил своё существование.
Однако, в 2008 году администрация Новосибирской области приняла решение о возрождении команды, и «Сибиряк» взял старт в Высшей Лиге. Выиграв первенство, новосибирцы сумели добиться повышения в классе. Сезон 2009/10 они начали в Суперлиге под руководством Темура Алекберова, одного из самых именитых игроков в истории российского мини-футбола. В первом же сезоне «Сибиряк» ворвался в верхнюю половину турнирной таблицы, заняв шестое место. А по результатам чемпионата 2010/11 новосибирская команда показала ещё более высокий результат — выиграв бронзовые медали. В сезоне 2011/2012 команде удалось взять уже серебряные медали.
