Первые три сезона «Политехник» выступал только в городских соревнованиях, пока в 1998 году не дебютировал в дивизионе «Б» Первой лиги. Заняв в нём первое место, в следующем году клуб, сокративший название до «Политеха», участвовал уже в дивизионе «А» и вновь сумел добиться повышения в классе. В сезоне 2000/01 петербуржцы дебютировали в Высшей лиге — высшем дивизионе в структуре российского мини-футбола. За три сезона, проведённые там, лучший результат «Политех» показал именно в дебютный год — десятое место. В 2003 году была образована Суперлига, в состав которой петербургский клуб по спортивному принципу не попал — помешало пятнадцатое место в сезоне 2002/03.
Взяв сезонную паузу, в 2004 году «Политех» заявился в Высшую лигу — второй по силе российский дивизион. За 2 года клуб сумел выполнить задачу выхода в Суперлигу. Первые четыре сезона в ней петербуржцы провели неудачно, не поднимаясь выше десятого места.
Летом 2010 года команду возглавил Юрий Руднев, один из самых титулованных тренеров России. Благодаря его работе «Политеху» удалось улучшить свои результаты и покинуть нижнюю часть турнирной таблицы. В регулярном чемпионате сезона 2010/11 петербуржцы заняли седьмое место.
