ФК «Норильск» был зарегистрирован 30 июня 1993 года как общественная организация «Футбольный клуб "Норильск"». Клубная команда выступала в первой лиге чемпионата России под названием МФК «Норильск» начиная с сезона 1993—1994. В 1998 году было зарегистрировано новое юридическое лицо АНО МФК «Норильск». В сезоне 1998—1999 гг. команда выступала под новым названием МФК «Норильский никель»; в 1999 году клуб также был переименован в АНО МФК «Норильский никель». 

Впервые в элиту отечественного мини-футбола клуб попал в сезоне 1996-1997. Тогда он занял 13 место и в результате переходного турнира получил понижение в классе. Для возвращения норильчанам потребовался один год. Вторый сезон в компании сильнейших также сложился для «Норильского никеля» неудачно — 12 место, однако в сезоне 1999-2000 он поднялся уже на пятую строчку, а ещё через год стал серебряным призёром чемпионата. 

Самым успешным в истории клуба стал сезон 2001-2002. В регулярном чемпионате «Норильский никель» занял только третье место, однако, поочерёдно одолев в плей-офф ЦСКА, «ВИЗ-Синару» и «ГКИ-Газпром», северянам удалось стать чемпионами России. «Норильский никель» стал первой в истории российского спорта командой из Заполярья, завоевавшей титул чемпиона страны. 

В следующем сезоне северяне были близки к повторению прошлогоднего успеха, однако уступили московскому «Динамо» в решающем финальном матче со счётом 7:8. С тех пор «Норильскому никелю» больше не удавалось пробиться в тройку сильнейших команд страны. 

Летом 2009 года руководство клуба объявило об изменении своей политики: теперь «Норильский никель», на протяжении последних лет активно пользовавшийся услугами легионеров, решил обходиться лишь российскими игроками, в основном собственными воспитанниками. Несмотря на это решение, норильчане не ухудшили свои результаты и остались крепкими середняками чемпионата. Большое количество раскрытых благодаря новой политике игроков позволило «Норильскому никелю» стать единственной командой лиги, играющей в три полноценных четвёрки.