Прародителем футбольного клуба «Лидс Юнайтед» считается ФК «Лидс Сити», который был образован в 1904 году. Однако после Первой мировой войны финансовые нарушения в клубном хозяйстве привели к тому что команду исключили из членов футбольной лиги Англии. Оставшись без своих любимцев, болельщики «Лидс Сити» в 1919 году основали новый клуб, который получил название «Лидс Юнайтед».

В 1920 году «Лидс Юнайтед» вступил в Футбольную Лигу и уже в августе дебютировал во Втором дивизионе. Проведя четыре сезона во Втором дивизионе, в 1924 году клуб впервые поднялся в Первый дивизион, где продержался три сезона. В конце 20-х гг. «Лидс» снова вернулся в Первый дивизион, а в 1929 году занял пятое место в чемпионате. После Второй мировой войны «Лидс» снова вылетел во Второй дивизион, где выступал на протяжении тринадцати лет.

В 1961 году тренером команды был назначен бывший крайний полузащитник «Лидса» Дон Риви, с которым команда добилась наиболее значимых успехов. К знаменитым Джеки Чарльтону и Билли Бремнеру, вместе с которыми он ещё недавно сам выходил на поле, новый наставник добавил молодёжь в лице Питера Лоримера и Нормана Хантера. Объединив коллектив общей идеей, Риви в 1964 году выводит «Лидс» в Первый Дивизион Футбольной Лиги, а уже в следующем сезоне команда занимает второе место в чемпионате. «Серебро» английского первенства дало возможность выступить в Кубке Ярмарок (впоследствии Кубок УЕФА), для завоевания которого йоркширцам понадобилось всего три года.

В сезоне 1967-1968 «Лидс» выиграл Кубок Ярмарок, победив дома в первой финальной встрече 1-0 (Джонс) и сыграв вничью в ответном матче 0-0 с клубом «Ференцварош» из Венгрии. В том же сезоне подопечные Риви впервые победили и на «Уэмбли». В финале Кубка Лиги был повержен «Арсенал» 1-0. Но болельщики требовали большего, и сезон 1968-1969 стал лучшим в истории «Лидса». Команда впервые в своей истории выиграла чемпионат Англии, потерпев всего четыре поражения и с рекордным для первенства результатом в 67 очков. В 1971 английский клуб второй раз в своей истории выиграл Кубок Ярмарок.

В 1972 году отмечалось столетие старейшего в мире футбольного соревнования - Кубка Англии. И в том же году «Лидс» выиграл его в единственный раз в своей истории, победив «Арсенал» 1-0. В 1974 году Джимми Армфилд принял бразды правления клубом и довёл его до финала Кубка чемпионов-75. Парижский финал, в котором «Лидс» проиграл «Баварии» со счётом 0-2, запомнился, прежде всего, беспорядками на трибунах. После этого «Лидс» не играл в Европе четыре года.

В последующие годы вернуть команду в элиту английского футбола пытались бывшие игроки «Лидса» Эдди Грей, а потом и Билли Бремнер, но их усилия не увенчались успехом.

Возрождение команды началось в 1988 году с приходом в команду Ховарда Уилкинса. В конце сезона 1989-1990 «Лидс» вернулся в Первый дивизион. Перед сезоном в Первом диизионе клуб приобрел у «Манчестер Юнайтед» шотландца Говарда Стратчана, у «Ноттингем Форест» был приобретен нападающий Ли Чапман. К команде также присоединились Гари Макаллистер и Эрик Кантана. Сюрпризом для болельщиков «Лидс» стало приглашение в команду из ФК «Уимблдон» Винни Джонса. В результате умелой клубной работы Ховарда Уилкинса «Лидс» в сезоне 1990-1991 гг. занял четвёртое место в Первом дивизионе. А годом позже «Лидс» завоевал титул чемпиона Первого дивизиона, обогнав ближайшего преследователя «Манчестер Юнайтед» на 4 очка, таким образом, клуб стал последним чемпионом Дивизиона 1 (в 1992 году была учреждена Английская Премьер-лига). Однако уже в следующем сезоне «Лидс» был вынужден бороться за выживание в Премьер-лиге и занял лишь семнадцатое место. Следующие два сезона были для «Лидса» более удачными, клуб дважды занимал в таблице пятое место.

В 1996 году «Лидс» впервые за многие годы вышел в финал Кубка Лиги, однако на Уэмбли потерпел поражение со счётом 0-3 от «Астон Виллы». Это поражение стало началом конца карьеры Ховарда Уилкинса в «Лидс». Вскоре Уилкинс был смещен со своего поста, а ему на смену пришёл Джордж Грэм. Однако карьера Грэма в «Лидс» была недолгой - в сентябре 1998 года он перешёл работать в «Тоттенхэм», а наставником «Лидс» стал его ассистент - Дэвид О’Лири. С О’Лири «Лидс» финишировал в Английской Премьер-лиге в 1999 году - четвёртым, а в 2000 году - третьим. Третье место позволило клубу выступать в следующем сезоне в Лиге Чемпионов. В преддверии Лиги чемпионов «Лидс» укрепился такими игроками как Марк Видука, Оливье Дакур, Доминик Маттео и Рио Фердинанд.

Солидная проверка на прочность предстояла клубу в сезоне 2000-2001 гг. в Лиге Чемпионов. «Лидс» оказался в так называемой «группе смерти» с клубами-грандами европейского футбола, как «Барселона», «Милан» и «Бешикташ». Несмотря на поражение со счетом 0-4 в Барселоне, «Лидс» обыграл со счетом 1-0 «Милан», затем «Бешикташ», а затем были домашняя ничья с Барселоной, ничья с «Бешикташ» в Турции, и, наконец выездная ничья с Миланом. В четвертьфинале «Лидс» обыграл по сумме двух матчей «Депортиво» со счетом 3-2. Однако в полуфинале «Лидс» потерпел поражение от другого испанского клуба «Валенсия» со счетом 0-3. В национальном чемпионате «Лидс» занял четвёртое место, которое не позволяло клубу выступать в следующем сезоне в Лиге Чемпионов. Руководство же клуба желало видеть «Лидс» в Лиге Чемпионов.

Для достижения этой цели клуб инвестировал средства в приобретение таких игроков, как Робби Фаулер, Сет Джонсон и др. Затраты на приобретение игроков руководство клуба предполагало окупать участием в Лиге Чемпионов. Однако в сезоне 2001-2002 гг. «Лидс» занял в Премьер-лиге пятое место. К этому времени затраты на приобретение игроков составили примерно 100 млн фунтов стерлингов, от продажи игроков было получено лишь 66 млн фунтов стерлингов. Общий долг клуба в 2003 году составил 80 млн фунтов стерлингов.

Финансовая ситуация в клубе была критической. Клуб был вынужден продать ведущих футболистов: Алана Смита, Харри Кьюэлла, Джонатана Вудгейта, Джонсона и Ли Бойера. С молотка пошли также стадион «Элланд Роуд» и тренировочная база клуба. Сам клуб после 11 сезонов в высшем дивизионе английского футбола перешёл во второй дивизион, где в сезоне 2004-2005 гг. занял лишь 14 место. В следующем сезоне казалось что «Лидс», как феникс возродился из пепла - команда заняла пятое место во втором дивизионе, что давало ей право играть в плей-офф за третью путевку в Премьер-лигу. Однако в финале плей-офф «Лидс» уступил клубу «Уотфорд» со счетом 0-3. Проблемы клуба продолжились в 2007 году - клуб занял последнее место во Втором дивизионе и впервые за всю свою историю рухнул в Третий дивизион (Лига 1).

Сезон 2007-2008 «Лидс» начал с -15 очками на счету. Одной из причин введения очкового штрафа Футбольной Ассоциацией стали махинации нынешнего владельца клуба Кена Бейтса. Однако даже несмотря на штраф «Лидс» заканчивал сезон на пятом месте в турнирной таблице, а это - опять игры плей-офф за выход в более высокую лигу - чемпионшип (второй дивизион). Но как и двумя годами ранее в финале плей-офф «Лидс» уступил, на сей раз клубу «Донкастер» со счетом 0-1.

3 января 2010 года, в матче 1/32 финала Кубка Англии, Лидс выиграл у Манчестер Юнайтед на Олд Траффорд 0:1. Единственный гол на свой счёт записал 26-летний нападающий Джермейн Бекфорд. 8 мая после победы над Бристоль Роверс со счетом 2-1 Лидс занял второе место в Лиге 1 и в сезоне 2010-2011 будет играть в Чемпионшипе.