«Уиган Атлетик» был основан в 1932 году и на сегодняшний день является одной из самых молодых команд, когда-либо выступавших в английской Премьер-лиге. К началу 30-х годов город Уиган славился только своими регбийными достижениями, благодаря местой команде «Уиган Уорриорз». Сформировать футбольный клуб удалось лишь после шести неудач, до этого распалось пять футбольых команд: «Уиган Каунти» (Wigan County F.C.), «Уиган Юнайтед» (Wigan United F.C.), «Уиган Таун» (Wigan Town F.C.), «Уиган Роверс» (Wigan Rovers F.C.) и «Уиган Боро» (Wigan Borough F.C.). В итоге именно шестая попытка оказалось самой долговременной.
«Спрингфилд Парк», бывший стадион команды «Уиган Боро», в итоге стал домашней ареной «Уиган Атлетик», и вскоре после этого клуб был зачислен в Cheshire County League (Северо-западная местная футбольная лига). В своей ранней истории «Уиган Атлетик» добился своего самого значительного успеха в Кубке Англии. В сезоне 1934-35-го годов клуб победил «Карлайл Юнайтед» (Carlisle United F.C.) со счётом 6:1, установив рекорд Кубка Англии — самый крупный счёт при победе любительской команды над профессиональной (Позже рекорд был повторён в 1955 году «Бостон Юнайтед» (Boston United F.C.) и в 1957 году «Херефорд Юнайтед» (Hereford United F.C.). В 1945 году «Уиган Атлетик» пробился в Lancashire Combination.
Попадания в систему английских профессиональных лиг клубу пришлось ждать более сорока лет и всё это время команде пришлось выступать в различных полупрофессиональных дивизионах. в 1950 году «Уиган Атлетик» был близок к попаданию в Футбольную лигу Англии, а в 1961 году клуб вернулся в Cheshire County League. В 1968 году «Уиган» был одним из основателей Northern Premier League, которая с 1994 года стала называться UniBond League. В итоге, после 34 проваленных выборов в принятии в Футбольную лигу Англии, включая отчаянную попытку попасть хотя бы во вторую лигу Шотландии в 1972 году, «Уиган Атлетик» в итоге был выбран в Футбольную Лигу Англии в 1978 году.
В 1995 году команду приобрел известный в прошлом футболист, а ныне местный бизнесмен Дэйв Уилан. Будучи уроженцем городка Уиган, новый президент клуба амбициозно заявил, что хочет видеть клуб в Премьер-лиге, что для многих звучало шуткой — средняя посещаемость матчей команды составляла около 1500 человек. Благодаря своим связям в Испании Уилану удалось привлечь в команду трёх игроков-испанцев — ими стали Исидро Диас, Хесус Себа и Роберто Мартинес, нынешний менеджер клуба. Тройка испанцев олицетворяла на поле амбиции клуба, и вошла в историю клуба под именем «Три Амиго». Впоследствии, Мартинес и Диас стали первыми испанцами, сыгравшими матчи в FA Cup.
В 1997 году команда добилась чемпионства в четвертом дивизионе, а в 1999 году «Уиган» уступил «Манчестер Сити» в плэй-офф за выход во второй дивизион. Этот результат заставил руководство сменить главного тренера Рэя Матиаса. Но новый специалист так же не смог преодолеть финал плэй-офф, где команда на легендарном стадионе «Уэмбли» уступила «Джиллингему». В 2001 году главным тренером был назначен специалист, который в прошлом пять лет отыграл в «Уигане» на позиции форварда — Пол Джуэлл. Первый сезон ушел на адаптацию, но уже в сезоне 2002/2003 команда в блистательном стиле завоевала золото Лиги Один (третьего дивизиона). В своём первом сезоне в «Чемпионшипе» клубу не хватило всё лишь одного гола, чтобы попасть в зону плэй-офф. Однако уже в следующем сезоне клуб смог финишировать вторым в турнирной таблице, тем самым обеспечив себе место в элите. Уилан добился своей цели ровно через 10 лет.
Новичок Премьер-лиги, считался верным претендентом на вылет, но команде удалось сотворить чудо. «Уиган Атлетик» выдал впечатляющую серию победных матчей и к ноябрю 2005 года занимал второе место в турнирной таблице. Клуб так же смог добраться до финала Кубка лиги, в котором, к сожалению своих болельщиков, проиграл. В конце сезона «Уиган» сбавил в игре и занял в итоге десятое место, которое нужно признать весьма достойным результатом.
Следующий сезон 2006-2007 годов команда провела менее успешно. На протяжении всего сезона команда боролась за выживание в элите, апогеем которого стал матч последнего тура в Шеффилде, пртив местного клуба Шеффилд Юнайтед. Хозяевам для сохранения прописки в АПЛ нужно было хотя бы сыграть вничью, Уиган устраивала только победа. Драматичнейший поединок завершился со счётом 2-1 в пользу гостей, решающий гол забил Дэвид Ансуорт, который начинал сезон будучи игроком Шеффилд Юнайтед, а «Уиган Атлетик» остался в элите английского футбола. Менеджер Пол Джуэлл сразу после этого триумфа объявил об отставке. Вместо него место занял его помощник Хатчингс, который решил сделать ставку на известных игроков и их опыт. В следствии чего в команде появились Марио Мельхиот, Тайтус Брамбл, Денни Ландзаат и другие. Однако несмотря на приобретения, вскоре команда оказался в опасной зоне вылета, и главный тренер был уволен.
19 ноября 2007 года команду возглавил Стив Брюс. Главной задачей для него было остаться в Премьер-лиге и специалист выполнил её с успехом, гарантировав тем сам себе место в команде на будущий год, особенно после почетной выездной ничьей с лондонским «Челси». По итогам сезона 2007-2008 «Уиган Атлетик» занял 14-е место. В июле 2009 года команду возглавил легенда клуба, Роберто Мартинес, который сыграл за клуб более 200 матчей за 6 лет. По итогам сезона команда заняла 16-е место.
