Основан 1 марта 1961 году под названием «Тралфлотовец». Дебют мурманчан в турнире класса «Б», где выступали команды Северо-Запада и центра РСФСР, не удался — лишь 11-е место из 13 участников. В 1965 году команду переименовали в «Север». Наивысшим достижением мурманских футболистов было второе место в зональных соревнованиях 1968 года. Тогда «Север» вышел в финальную часть чемпионата СССР среди команд класса «Б». Турнир проходил в Пятигорске. Итог выступления заполярных футболистов — третье место. «Север» проиграл пятигорскому «Машуку» — 0:1, майкопскому «Урожаю» — 0:5 и победил «Труд» из подмосковного Фрязино — 3:0. С 1971 года после того, как произошла реорганизация чемпионата страны, «Север» получил «прописку» во второй лиге, выступая с переменным успехом. В 1984 году решением ВЦСПС (именно Центральному совету профсоюзов было доверено проводить зональный турнир) три команды РСФСР, имеющие худшие результаты (а в зоне играли также клубы из Молдавии, Белоруссии, Литвы, Латвии и Эстонии) покидали вторую лигу и переходили в разряд любительских. Эта участь постигла горьковскую «Волгу», «Волжанин» из Кинешмы и мурманский «Север», который занял последнее место. Этот сезон стал последним для команды из Мурманска в чемпионате страны. Вновь сформирован в 2006 году. В сезоне 2006 года команда стала обладателем Кубка России в МРО «Северо-Запад». В 2007 году клуб занял 1 место в МРО Северо-Запад. В 2008 году «Север» заявлен в зону «Запад» второго дивизиона, где выступает по настоящее время.