Первым турниром зеленоградцев стало Первенство среди любительских клубов 2002 года, в котором клуб занял 16 место среди 21 команд. В 2003 году «Зеленоград» поднялся в итоговой таблице на 11 место (среди 19 команд), а уже в 2004 стал серебряным призёром Первенства, повторив данное достижение в следующем, 2005.

В феврале 2006 года в управление клубу был передан стадион «Ангстрем», построенный в 1970-е годы и принадлежавший ранее заводу «Ангстрем» , и 31 мая 2006 года «Зеленоград» провёл свой первый официальный матч на собственном стадионе.

В том же году клуб стал победителем Первенства ЛФЛ в зоне «Москва» (обеспечив тем самым себе путёвку во Второй Дивизион Чемпионата России) и бронзовым призёром Финального турнира первенства.