Клуб был образован в 1982 году при поддержке Мексиканского института социального страхования (Instituto Mexicano del Seguro Social; IMSS) и первым названием команды было «IMSS Сантос Лагуна». В сентябре 1983 года «Сантос Лагуна» дебютировала во Втором дивизионе B. По итогам сезона команда заняла второе место и добилась права выступать во Втором дивизионе A. В Примеру Мексики «Сантос Лагуна» попала благодаря покупке франшизы команды «Анхелес де Пуэбла», руководство которой решило продать место в Примере из-за явного проигрыша в борьбе за болельщиков со стороны ФК «Пуэбла». Впервые в высшем дивизионе «Сантос Лагуна» выступила в сезоне 1988/89. Трижды «геррерос» становились чемпионами Мексики: в Зимнем турнире 1996 года, в Летнем турнире 2001 года, и в 2008 году, выиграв Клаусуру. Пять раз команда занимала второе место в чемпионате страны. В 2004 году «Сантос Лагуна» приняла участие в розыгрыше Кубка Либертадорес. «Бело-зелёные» вышли в 1/8 финала, где лишь в серии послематчевых пенальти уступили аргентинскому «Ривер Плейту».