Профессиональную футбольную карьеру Мейра начал в сезоне 1995/96 годов в спортивном клубе «Витория». Отыграв в команде из родного города два сезона Мейра отправился на один сезон в клуб второго дивизиона «Фелгуйраш», после чего вернулся в «Виторию», где стал ключевым игроком команды.

В 2000-м году один из трех ведущих португальских клубов, «Бенфика», выкупила трансферный лист футболиста за весьма серьезную по тем временам сумму – 4 миллиона евро. Но затраты оправдались уже через полтора года – недавний соперник «Зенита» по Кубку УЕФА, немецкий «Штуттгарт», заплатил за Мейру в два раза большую сумму, мотивировав это тем, что португалец может стать главным творцом чемпионства клуба. В 2006-м году Мейра стал капитаном немецкого клуба – первым португальцем, надевшим капитанскую повязку в бундеслиге. Уже на следующий год Мейра поднял над головой чемпионский трофей – сенсационный успех «Штутгарта», по признанию немецких футбольных аналитиков, без португальца был бы просто невозможен.

В конце сезона 2008-го года Мейра подписал четырехлетний контракт с турецким «Галатасараем», в составе которого с осени прошлого года отыграл больше двух десятков матчей.

В 2009 году «Зенит» подписал трёхлетний контракт с Мейрой. По данным турецкой прессы, сумма сделки составила 6 миллионов евро. Фернанду в первом же матче в составе новой команды вышел на гостевой матч против московского «Спартака», заняв позицию центрального защитника. Игра завершилась ничьей, и хотя мяч спартаковцев, забитый уже на 2-й минуте игры, состоялся не без участия португальца, его дебют произвел приятное впечатление. В третьем туре того же чемпионата Мейре удалось открыть голевой счет, поучаствовав в разгроме «Томи». В дебютном сезоне португалец уверенно закрепился в основном составе «Зенита» и провел в чемпионате 22 матча, через год из-за нескольких травм защитнику пришлось пропустить значительную часть игр, в 2011 году Мейра сыграл в основном составе всего три раза. За два года Фернанду Мейра 53 раза выходил на поле в зенитовской футболке и забил один гол. Вместе с командой он выиграл чемпионат России, Кубок и Суперкубок страны.

В августе 2011 по обоюдному согласию ФК Зенит расторг контракт с Фернанду и он присоединился к составу испанской Сарагосы.

В сборной Португалии Фернанду дебютировал ещё в 2000 году, но несколько лет не мог получить стабильное место в основном составе. Лишь после ЧМ-2006 он стал твёрдым игроком стартового состава национальной команды. Всего в активе Мейры, который также может закрыть позицию опорного хавбека, 54 матча и два гола в футболке сборной.

Фернандо Мейра – участник Олимпийских игр 2004-го года, чемпионата мира по футболу 2006-го года, чемпионата Европы 2008-го года.