Известен по выступлениям за футбольные клубы «Зенит» из Санкт-Петербурга и «Торпедо» из Москвы. Неоднократно призывался в сборную России, но ни одной игры так и не сыграл. В феврале 2008 года Дмитрий Бородин подписал контракт с «Сибирью» по схеме 1+1. В конце июля 2008 руководство «Сибири» по взаимной договорённости расторгло контракт с голкипером. Спустя неделю Бородин подписал контракт с махачкалинским «Анжи» до конца сезона 2008 года. В феврале 2009 года подписал контракт с петербургским «Зенитом» на 4 года. В сезоне 2009 года тренерский штаб зенитовцев посчитал необходимым предложить Бородину выступать за одну из российских команд на правах аренды. Спустя два дня главный тренер «Зенита» Дик Адвокат заявил, что его весьма удивил этот трансфер. В сезоне 2010 сыграл за основной состав «Зенита» один матч: 20 ноября против экс-чемпиона России казанского «Рубина» (2:2). В сезоне 2011 принял участие в товарищеском матче с «Баварией» и игре чемпионата «Спартаком» из Нальчика, сыграв в них по тайму.
В Высшей лиге России в составе «Зенита», «Торпедо» и «Химок» сыграл 114 матчей, пропустил 138 мячей.
Женат, супругу зовут Светлана, от которой у него два сына.
Достижения
«Зенит»
Финалист Кубка Интертото: 2000
Бронзовый призёр чемпионата России: 2001, 2009
Обладатель Кубка России: 2009/10
Чемпион России: 2010