В 2001—2003 годах играл в нижегородской «Электронике», дубле московского «Динамо», новороссийском «Черноморце». 16 января 2009 года стало известно, что Евгений подписал контракт с ярославским «Шинником». 15 декабря было сообщено, что Кузнецов перешёл в нижегородскую «Волгу», в которой в своё время начинал профессиональную карьеру. В Премьер-лиге провёл 27 игр.